Initiantin und Trägerin des Anna Göldi Museums ist die 2007 gegründete Anna-Göldi-Stiftung, welche von der Standortgemeinde Glarus, vom Kanton Glarus, von Pro Helvetia, Gönnern und Sponsoren finanziell unterstützt wird.

Die Stiftung bezweckt die Wahrung des Gedenkens an die 1782 in Glarus hingerichtete Anna Göldi und den Prozess, der zu ihrer Verurteilung führte sowie die Erforschung der Hintergründe. Sie setzt sich zudem für die Wahrung der Menschen- und Grundrechte ein und engagiert sich gegen Diskriminierung, Rassismus und Willkür.

• Präsidentin: Veronika Britt, Rechtsanwältin / MAS Banking & Finance
• Vizepräsident: Peter Bertschinger, dipl. Ing. ETH
• Nicole Billeter, Dr. phil., Historikerin
• Sandro Brotz, Redaktor SRF
• Francesca Trento, Theologin und Journalistin
• Andrea Trümpy, ehemalige Stadtpräsidentin von Glarus
• Ursula Helg, Dr. phil., Museumsleiterin 
• Karin Fuchs, Prof. Dr. phil.
• Peter Jenny, Prof. em. ETH Zürich (Ehrenmitglied)
• Elisabeth Kopp (1936-2023), alt Bundesrätin  (Ehrenmitglied)